La storia inizia poco dopo i fatti narrati in Symphony of the Night, Siamo agli inizi del XIX secolo. Da tempo si sono perse le tracce del clan dei Belmont, i leggendari cacciatori di vampiri che per secoli hanno sfidato il Signore Oscuro e le sue legioni. Anche la sacra frusta che si sono tramandati di generazione in generazione, la Vampire Killer, è scomparsa. In questo periodo di incertezza sono quindi nate varie organizzazioni con lo scopo di trovare una via alternativa che permetta di distruggere Dracula quando tornerà in vita. Una di queste organizzazioni è l'Ordine di Ecclesia, Ad investigare su questa situazione comincia Shanoa, una cacciatrice di demoni che può sfruttare i propri poteri magici attraverso dei tatuaggi che possono essere “equipaggiati”, un po’ come successe a suo tempo per le armi o per le carte di Circle of Moon o le anime di Dawn of Sorrow.